Fin dai primi tempi della diffusione del cristianesimo, differenti pareri si erano confrontati e scontrati a proposito della verità della fede che si andavano delineando con il commento alle scritture e le discussioni teologiche da esso derivate. Attraverso varie riunioni ("concili") dei papa ("Vescovi") delle Chiese locali, si erano definite a partire dal IV secolo le basi dell’ortodossia – specie rispetto ai grandi problemi della Trinità e della persona del Cristo – ch’era compito delle gerarchie ecclesiastiche tutelare.
A partire dall’Editto di Teodosio del 381, il cristianesimo divenne religione di stato e i culti differenti da essi cominciarono a esser sottoposti a loro volta a una serie di proibizioni per quanto non soggetti a immediato e generale divieto.
Alla fine del IV secolo, si era prodotto alla morte di Teodosio, nel 395, la distinzione politico amministrativa dell’impero in pars Orientis e pars Occidentis. In quest’ultima, gran parte dell’auctoritas imperiale passò progressivamente alla personalità e alla funzione considerate le più prestigiose dell’antico caput mundi, la città di Roma: cioè al capo della Chiesa patriarcale che in Roma aveva il suo centro metropolitano. Allo stesso tempo, le gerarchie sacerdotali della Chiesa "intesa nel suo valore proprio, di "comunità dei credenti nel Cristo" distinta in clero e laicato) si trovarono a dover tutelare direttamente e da sole l’ortodossia, e assumersi − fra V e VIII-IX secolo −, uffici e funzioni di tipo civile, politico e addirittura militare coinvolgendo le istituzioni laicali che non potevano disinteressarsi del problema delle eresie.
I riformatori − molti dei quali divennero vescovi, abati e pontefici nel corso della seconda metà dell’XI secolo −, mossi e sostenuti dalla potente abbazia di Cluny, erano partigiani anche di una rigorosa riforma morale del clero. Il compito specifico dei vescovi, d’individuare i gruppi ereticali e d’indicarli ai poteri laici affinché essi fossero perseguiti, fu gradualmente accentrato nella mani della Curia romana, che nei gesti, modi e strumenti.
Nell’inquadramento del fenomeno dell’Inquisizione, devono essere distinte diverse fasi: l’"Inquisizione" vescovile; quella "pontificia”; quella "spagnola"; quella "romana". In forme diverse, nella Chiesa romana e nei paesi cattolici, le istituzioni inquisitoriali si sono evolute a contatto con il processo di laicizzazione giugngendo (sia pure attraverso una progressiva perdita di potere immediatamente coercitivo) sino al XX secolo.
